Diferencias con Santana: segundo exilio

Enviado a combatir al ejército haitiano, entra en contradicciones con Pedro Santana, terrateniente, jefe del ejército en el sur del país y uno de los principales caudillos del sector conservador, de tendencias colonialistas y anexionistas. El 26 de mayo de 1844, Tomás Bobadilla, jurista y primer gobernador de la nueva Junta, propuso que la república fuera protectorado de Francia. Como dicho sector se había adueñado del poder y tenía mayoría en la recién creada Junta Central Gubernativa para imponer la conversión del nuevo país en un protectorado francés. El 9 de junio, Duarte encabezó junto a Sánchez un golpe de estado que destituyó a Bobadilla y sustituyó los miembros conservadores de la Junta Central por otros liberales. Esta nueva Junta, ahora encabezada por Sánchez, envió a Duarte y a Mella a la región norte a conseguir apoyo. En julio, el ejército del norte proclamó a Duarte como presidente. A pesar de que Duarte no aceptó, Santana protesta y apoyándose en el ejército del sur, entró a Santo Domingo y disolvió la Junta que presidía Sánchez, creando otra. En agosto, Santana dispuso el apresamiento de Duarte, quien se rehusaba volver al dominio español. Sin embargo, se dejó apresar para evitar una guerra civil que pudiera ser aprovechada por los haitianos; y el 10 de septiembre, Santana declaró a Duarte, Sánchez, Mella y otros liberales "traidores a la Patria" enviándolos al exilio en Hamburgo. Tras una breve estancia de en Hamburgo, el 30 de noviembre se trasladó a La Guaira, donde su familia completa, ahora sumida en la miseria, también había sido desterrada por Santana. En febrero de 1845, estando en Caracas, recibe la noticia del fusilamiento de María Trinidad Sánchez. Asumiéndose culpable de esta muerte, y rechazando la idea de alentar una guerra civil, Duarte desaparece de la vida pública, internándose en la selva venezolana. Después de escribir su libro "La Cartera Del Proscripto" se radica en la ciudad de Angostura, donde pierde todo contacto con amigos y familiares por más de quince años. En 1861, debido una vez más a las invasiones haitianas, el desorden interno, y su mal gobierno, Santana volvió el país en una colonia española (conocida como la Anexión a España). Por esta acción, fue galardonado con el título de Marqués de Las Carreras por la reina Isabel II. En 1862, Duarte reaparece en Caracas para organizar junto a su hermano Vicente Celestino una pequeña expedición. El 24 de marzo de 1864, Duarte regresa a Santo Domingo para ponerse a las órdenes del gobierno restaurador en armas de Santiago de los Caballeros. Este gobierno decidió nombrarlo su representante en el exterior con la misión de obtener apoyo de Venezuela y los demás países en la lucha militar contra España.